大士爺廟的沿革主要可分為三個時期說明：

一、神明會時期

當時大士爺並無金身的存在，只在祭典時以紙糊造型出現，祭典結束後馬上焚化。

二、慈濟寺建廟時期

清光緒三十二年(1906)，嘉義地區發生了「丙午大地震」，由於人力、財力有限，遲至日據大正十二年(1923)才以以「慈濟寺」之名重新建造完成 (當時日本人在臺推行「皇民化政策」，禁建並拆毀道教廟宇，所以不敢直接以「大士爺廟」的名義提出申請，而以佛教「慈濟寺」之名)。

三、大士爺廟時期

民國七十六年，經嘉義縣政府及嘉義地方法院裁定，改歸原名為「大士爺廟」，全名定為「財團法人台灣省嘉義縣民雄鄉大士爺廟」